顯微影像核心實驗室

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3D影像處理軟體 ( Data center 3) 

 

Imaris 簡介

因研究與實驗之樣本對象多為3D甚至為4D立體結構, 如:細胞、組織…等。隨著科技的進步, 共軛焦顯微鏡系統以及超解析影像系統已普遍盛行, 因此獲得3D/4D影像已為大部分實驗室基本需求。所以擁有一個好的3D/4D影像展示分析軟體顯得格外重要。

          Imaris ( Bitplane ) 是即時定量三維/四維/多維圖像進行視覺化和定量分析的圖像工作站,專注於多維圖像的立體展示和定量分析。Imaris提供之分析功能概述如下:

Imaris core

作為Imaris軟體家族的核心模組, 可進行多種模式影像的立體展示,  以及電影製作。可直接讀取30多種格式的檔, 幾乎涵蓋了所有顯微鏡廠家的圖像格式。提供Slice,  Section, Gallery 等觀察模式, 並提供MIP 投影和混合投影模式。

Imaris MeasurementPro

進行幾何和強度測量, 從而得到定量結果。提供所有分析模組的分析結果數值。並可量測立體空間中, 兩點間距離, 兩條線之角度, 線所通過的每個Voxel之每個Channel強度分布。

Imaris Lineage/Track

3D/4D圖像動態物體自動追蹤及分析, 更可追蹤細胞繼代分析。提供多種追蹤演算法用以優化分析結果。基於物體的大小, 強度, 形狀, 速度, 運動方向, 運動曲度等多種參數實現自動追蹤。

lImaris Colocalization

獲得3D/4D空間共定位定量資訊, 並進行空間視圖展示。提供多種空間共定位區域的選定方法, 即時獲得共定位資料,空間共定位結果可以展示為新的Channel, 因此可進行兩個Channel以上共定位分析。

lImaris Filament Tracer

絲狀結構追蹤分析( 神經樹突/軸突/微管結構) 。使用全自動, 半自動, 以及手動等方法進行神經或絲狀結構示蹤。可獲得分支長度, 直徑, 體積及神經topology等眾多神經專業分析參數。                                                                                      

Imaris Cell

對每個單獨的細胞進行個體研究, 從而分析多個細胞間或者細胞內的交流狀態。可依據細胞核, 細胞質, 細包膜定義細胞結構。可分析細胞間和細胞內細胞器的關係, 並對大量的囊泡狀物體進行自動檢測和分類。

Imaris Vantage

採用統計數值資料與立體視圖結合展示的模式,  清晰的展現隱藏在多維圖像資料中複雜的相互關係。可將分析結果以2D-5D方式進行立體視圖展示。

ImarisXT

通過與其它軟體的交互使用,實現了多功能拓展, 為實驗提供更多的計算方法。流暢的與Matlab, FIJI, Python…等軟體相連結進而獲得更多元化分析功能。

Imaris Batch

可以自動對圖像進行批量處理。可將同樣組別的的所有圖檔, 皆可套用同樣參數自動進行, 用以節省分析圖像的時間, 快速得到最終結果。


國立台灣大學

分子影像學重點技術平台

醫學院第一共同研究室顯微影像核心

NTU Consortium of Molecular Imaging Key Technology

Imaging Core Facility of the First Core Laboratory, College of Medicine, National Taiwan University

TEL: 02-23123456 分機請參考以下

許紹君 博士/助研究專家 peggyschsu@ntu.edu.tw ext 288509

羅安琦 副技師anchi0714@ntu.edu.tw ext 288504

吳亭吟 副技師 tingyin@ntu.edu.tw ext 288500