顯微影像核心實驗室

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3D影像處理軟體 Imaris

 

Imaris 簡介

因研究與實驗之樣本對象多為3D甚至為4D立體結構, 如:細胞、組織…等。隨著科技的進步, 共軛焦顯微鏡系統以及超解析影像系統已普遍盛行, 因此獲得3D/4D影像已為大部分實驗室基本需求。所以擁有一個好的3D/4D影像展示分析軟體顯得格外重要。

          Imaris ( Bitplane ) 是即時定量三維/四維/多維圖像進行視覺化和定量分析的圖像工作站,專注於多維圖像的立體展示和定量分析。Imaris提供之分析功能概述如下:

Imaris core

作為Imaris軟體家族的核心模組, 可進行多種模式影像的立體展示,  以及電影製作。可直接讀取30多種格式的檔, 幾乎涵蓋了所有顯微鏡廠家的圖像格式。提供Slice,  Section, Gallery 等觀察模式, 並提供MIP 投影和混合投影模式。

Imaris MeasurementPro

進行幾何和強度測量, 從而得到定量結果。提供所有分析模組的分析結果數值。並可量測立體空間中, 兩點間距離, 兩條線之角度, 線所通過的每個Voxel之每個Channel強度分布。

Imaris Lineage/Track

3D/4D圖像動態物體自動追蹤及分析, 更可追蹤細胞繼代分析。提供多種追蹤演算法用以優化分析結果。基於物體的大小, 強度, 形狀, 速度, 運動方向, 運動曲度等多種參數實現自動追蹤。

lImaris Colocalization

獲得3D/4D空間共定位定量資訊, 並進行空間視圖展示。提供多種空間共定位區域的選定方法, 即時獲得共定位資料,空間共定位結果可以展示為新的Channel, 因此可進行兩個Channel以上共定位分析。

lImaris Filament Tracer

絲狀結構追蹤分析( 神經樹突/軸突/微管結構) 。使用全自動, 半自動, 以及手動等方法進行神經或絲狀結構示蹤。可獲得分支長度, 直徑, 體積及神經topology等眾多神經專業分析參數。                                                                                      

Imaris Cell

對每個單獨的細胞進行個體研究, 從而分析多個細胞間或者細胞內的交流狀態。可依據細胞核, 細胞質, 細包膜定義細胞結構。可分析細胞間和細胞內細胞器的關係, 並對大量的囊泡狀物體進行自動檢測和分類。

Imaris Vantage

採用統計數值資料與立體視圖結合展示的模式,  清晰的展現隱藏在多維圖像資料中複雜的相互關係。可將分析結果以2D-5D方式進行立體視圖展示。

ImarisXT

通過與其它軟體的交互使用,實現了多功能拓展, 為實驗提供更多的計算方法。流暢的與Matlab, FIJI, Python…等軟體相連結進而獲得更多元化分析功能。

Imaris Batch

可以自動對圖像進行批量處理。可將同樣組別的的所有圖檔, 皆可套用同樣參數自動進行, 用以節省分析圖像的時間, 快速得到最終結果。

 


國立台灣大學醫學院第一共同研究室顯微影像核心實驗室

Imaging Core Facility of the First Core Laboratory, College of Medicine, National Taiwan University

管理人員: 徐華蔓 范綱祐 副技師 TEL: 02-23123456 ext 88509 E-mail: hsuhuaman@gmail.com