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- 【置頂公告】重要!! 16Sv3v4 primer改版通知
公告日期：2023/06/14｜發布人： 李慧瑛｜分機:88200
受illumina600cycles(2*300bp)定序試劑品質下降影響，為維持本核心16S v3v4定序的read 2 品質，原廠建議改變v3v4 primer序列，改採用offset primer策略。
如下圖所示:於v3 forward primer和v4 reverse primer外側兩端，增加heterogeneity spacer，訂購序列請參照下表，forward 8條，reverse 8條，使用時請分別把forwar reverse各8條取等量混合後，作為一對v3v4 amplification primer使用。
已與醫院第二共研協商完畢，即日起送二共進行v3v4 PCR，也將改採offset primer進行實驗。
| 0-7N Offset primer seq (forward 8條，reverse 8條，共16條) | |
| 16S-v3-0F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG |
| 16S-v3-1F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNCCTACGGGNGGCWGCAG |
| 16S-v3-2F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
| 16S-v3-3F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
| 16S-v3-4F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
| 16S-v3-5F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
| 16S-v3-6F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
| 16S-v3-7F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
| 16S-v4-0R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC |
| 16S-v4-1R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
| 16S-v4-2R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
| 16S-v4-3R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
| 16S-v4-4R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
| 16S-v4-5R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
| 16S-v4-6R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
| 16S-v4-7R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
(主要參考文獻: Fadrosh et al. Microbiome 2014, 2:6 http://www.microbiomejournal.com/content/2/1/6)
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