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2023/06/14重要!! 16Sv3v4 primer改版通知
受illumina600cycles(2*300bp)定序試劑品質下降影響,為維持本核心16S v3v4定序的read 2 品質,原廠建議改變v3v4 primer序列,改採用offset primer策略。
如下圖所示:於v3 forward primer和v4 reverse primer外側兩端,增加heterogeneity spacer,訂購序列請參照下表,forward 8條,reverse 8條,使用時請分別把forwar reverse各8條取等量混合後,作為一對v3v4 amplification primer使用。
已與醫院第二共研協商完畢,即日起送二共進行v3v4 PCR,也將改採offset primer進行實驗。
0-7N Offset primer seq (forward 8條,reverse 8條,共16條) | |
16S-v3-0F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG |
16S-v3-1F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNCCTACGGGNGGCWGCAG |
16S-v3-2F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
16S-v3-3F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
16S-v3-4F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
16S-v3-5F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
16S-v3-6F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
16S-v3-7F | TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNNNCCTACGGGNGGCWGCAG |
16S-v4-0R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC |
16S-v4-1R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
16S-v4-2R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
16S-v4-3R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
16S-v4-4R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
16S-v4-5R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
16S-v4-6R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
16S-v4-7R | GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGNNNNNNNGACTACHVGGGTATCTAATCC |
(主要參考文獻: Fadrosh et al. Microbiome 2014, 2:6 http://www.microbiomejournal.com/content/2/1/6)